A、基因是有遗传效应的DNA片段，是控制生物性状的遗传物质的功能单位和结构单位，A正确； B、基因是有遗传效应的DNA片段，一个DNA 分子上可以有许多个基因，B正确； C、基因主要存在于染色体上，少数存在于细胞质中，C错误； D、基因能指导蛋白质的合成从而控制生物的性状，D正确． 故选：C．
